深圳市住房公积金管理中心于2010年2月正式成立，是深圳市政府直属事业单位，由深圳市住房和建设局代管，是深圳市法定机构试点单位。2018年12月，经深圳市人力资源和社会保障局批准，设立深圳市住房公积金管理中心博士后创新实践基地；并与哈尔滨工业大学（深圳）合作，共同联合培养博士后研究人员。