中国农业科学院农业资源与农业区划研究所于2003年5月由中国农业科学院土壤肥料研究所（成立于1957年8月）与农业自然资源和农业区划研究所（成立于1979年2月）整合组建而成。是以土壤肥料、农业资源利用和区域发展为主导的国家级公益性综合研究机构。