西南医科大学是教育部本科教学水平评估优秀学校；入选首批国家“双万计划”、卓越医生教育培养计划、四川2011计划、四川省“双一流”建设计划、四川省免费定向医生培养院校；全国高等院校医学教育研究联盟理事单位，川南高校联盟理事长单位，临床医学、药学是四川省一流建设学科，临床医学学科在ESI全球排名前1%机构中位列61.05%。